新冠病毒發(fā)生基因突變，發(fā)源地、宿主仍待明確
原標(biāo)題：新冠病毒發(fā)生基因突變，發(fā)源地、宿主仍待明確
巴西首例新冠肺炎患者病毒基因組序列公布，病毒已開始突變
巴西首例新冠肺炎患者病毒基因組序列公布，病毒已開始突變
3月3日，科學(xué)出版社出版的綜合性英文學(xué)術(shù)期刊《國家科學(xué)評論》，刊發(fā)題為《關(guān)于新冠病毒的起源和持續(xù)進(jìn)化》的論文。文章顯示，研究人員共在103株測序毒株的149個位點(diǎn)發(fā)現(xiàn)了突變。
“這意味著，新冠病毒發(fā)生了基因序列突變。”香港大學(xué)新發(fā)傳染性疾病國家重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室深圳分室副主任朱華晨向新京報記者分析稱，目前，變異并不算大，但也不能輕視，要警惕這些突變可能產(chǎn)生的病毒表型和行為的變化。比如，對人體的致病性、影響的器官部位、排毒的時間、途徑，還有傳播能力的改變等。
新冠肺炎疫情發(fā)生以來，《柳葉刀》、《新英格蘭醫(yī)學(xué)雜志》、《科學(xué)》等科研雜志網(wǎng)站，陸續(xù)上線多篇相關(guān)論文，對病毒來源、疫情發(fā)展、臨床特征等方面進(jìn)行解析。
新京報記者梳理發(fā)現(xiàn)，至少兩篇論文提出，2019年12月，新冠病毒已在武漢發(fā)生人際傳播。武漢華南海鮮市場被視為早期病例的主要感染來源地，但2019年12月1日發(fā)病的一名患者并無該市場暴露史，這為病毒來源打上了問號。
美國喬治敦大學(xué)傳染病學(xué)專家丹尼爾·盧西（Daniel Lucey）分析，在2019年12月下旬華南海鮮市場出現(xiàn)大量確診病例之前，病毒可能已經(jīng)悄悄地在武漢人與人之間傳播，也有可能在武漢之外的地方。即病毒可能從其他地方進(jìn)入武漢華南海鮮市場。
對于病毒起源，學(xué)界普遍認(rèn)為，新冠病毒系自然起源，是一種動物源性病毒。目前的全基因組基因序列系統(tǒng)進(jìn)化分析結(jié)果顯示，蝙蝠可能是該病毒的宿主，但中間宿主尚未查明。
1月27日，國家病原微生物資源庫公布首株環(huán)境樣本分離的新型冠狀病毒信息。來自中國疾控中心官網(wǎng)
武漢華南海鮮市場可能并非新冠肺炎疫源地
2019年12月31日，武漢市衛(wèi)健委通報稱，近期，部分醫(yī)療機(jī)構(gòu)發(fā)現(xiàn)接診的多例肺炎病例與華南海鮮市場有關(guān)聯(lián)。自此之后，該市場成為新冠病毒溯源研究的重點(diǎn)。
2020年1月27日，中國疾控中心病毒病所公布新冠病毒溯源研究階段性進(jìn)展：首次從武漢華南海鮮市場的585份環(huán)境樣本中，檢測到33份樣品含有新型冠狀病毒核酸，并成功在陽性環(huán)境標(biāo)本中分離病毒。調(diào)查顯示，此前該市場中有非法售賣野生動物現(xiàn)象。“高度懷疑此次疫情與野生動物交易有關(guān)。”
1月28日，中疾控更新的《2019新型冠狀病毒疫情進(jìn)展和風(fēng)險評估》中強(qiáng)調(diào)，病毒從動物到人的溢出和完成適應(yīng)性變異過程，是否發(fā)生在武漢華南海鮮批發(fā)市場，尚需進(jìn)一步證實(shí)，但武漢華南海鮮批發(fā)市場，是疫情早期病例的主要感染來源地。
武漢華南海鮮批發(fā)市場。新京報記者 游天燚 攝
武漢市金銀潭醫(yī)院副院長黃朝林、中日友好醫(yī)院呼吸與危重癥醫(yī)學(xué)科主任曹彬、北京地壇醫(yī)院傳染病臨床研究中心教授李興旺等多位專家，于1月24日發(fā)表在醫(yī)學(xué)期刊《柳葉刀》的論文，分析了新冠肺炎患者的臨床特征。該論文的研究對象——41名患者系武漢市首批確診的新冠肺炎病例，其中66%（27例）有華南海鮮市場接觸史，其余均無。
值得注意的是，該論文中提及的41名患者中，有一名患者從2019年12月1日開始出現(xiàn)癥狀。這是目前公開資料中最早發(fā)病的病例。但其并無華南海鮮市場暴露史，家人也沒有出現(xiàn)發(fā)熱和呼吸道疾病。“首例病例和后續(xù)病例之間，沒有發(fā)現(xiàn)流行病學(xué)關(guān)聯(lián)。”
這名于2019年12月1日出現(xiàn)癥狀的患者，引起多位研究人員的關(guān)注。當(dāng)?shù)貢r間2020年1月26日，《科學(xué)》雜志網(wǎng)站報道稱，武漢華南海鮮市場可能并非新冠肺炎的疫源地。
美國喬治敦大學(xué)傳染病學(xué)專家丹尼爾·盧西（Daniel Lucey）分析，在2019年12月下旬華南海鮮市場出現(xiàn)大量確診病例之前，病毒可能已經(jīng)悄悄地在武漢人與人之間傳播，也有可能在武漢之外的地方。
美國斯克利普斯研究所進(jìn)化生物學(xué)家克里斯蒂安·安德森（Kristian Andersen）分析認(rèn)為：可能有人在華南海鮮市場之外感染了病毒，之后帶入該市場；也有可能病毒來源于進(jìn)入該市場的被感染的動物。
1月24日，武漢市金銀潭醫(yī)院副院長黃朝林等專家在《柳葉刀》上發(fā)表論文。論文分析了41名武漢首批確診的新冠肺炎患者的臨床特征。論文顯示，最早的確診病例無武漢華南海鮮市場接觸史，發(fā)病時間為2019年12月1日。論文截圖
基因突變未必會明顯改變病毒功能與行為
病毒究竟從何而來，目前仍無定論。但學(xué)界普遍認(rèn)為，新冠病毒系自然起源，是一種動物源性病毒。
2月19日，《柳葉刀》在線發(fā)表的一篇通訊文章中，來自8個國家的27名公共衛(wèi)生領(lǐng)域科研人員簽署聲明，譴責(zé)“新冠病毒并非自然起源”的陰謀論。
國家衛(wèi)健委2月29日發(fā)布的《中國-世界衛(wèi)生組織新型冠狀病毒肺炎（COVID-19）聯(lián)合考察報告》顯示，新型冠狀病毒具有冠狀病毒家族的典型特征，屬于β-冠狀病毒。
上述報告指出，對新冠病毒的全基因組序列和已有的其他β-冠狀病毒的全基因組序列進(jìn)行一致性比對后顯示，該病毒與蝙蝠攜帶的SARS樣冠狀病毒RaTG13株全基因組親緣關(guān)系最近，同源性為96%。此亦為中國科學(xué)院武漢病毒研究所研究員石正麗團(tuán)隊的研究結(jié)論。相關(guān)論文1月末已發(fā)布在bioRxiv預(yù)印版平臺，2月初《自然》雜志收稿、在線發(fā)布。
《柳葉刀》1月30日在線發(fā)表的中疾控研究團(tuán)隊論文，也認(rèn)為新冠病毒的原始宿主可能是蝙蝠，中間宿主未明。雖然另有研究稱穿山甲或是潛在的中間宿主，但目前仍不能確定。
上述中國與世衛(wèi)組織聯(lián)合考察報告也強(qiáng)調(diào)，新冠病毒是一種動物源性病毒。目前的全基因組基因序列系統(tǒng)進(jìn)化分析結(jié)果顯示，蝙蝠似乎是該病毒的宿主，但中間宿主尚未查明。該報告附件中還稱，對病毒的動物來源和天然宿主、初始階段動物到人的感染過程、早期暴露史不詳?shù)牟±葌魅驹捶矫娴膯栴}仍存知識局限。
而找到人類感染的直接源頭與動物宿主，才能從根本上切斷傳染源與傳播鏈。此前，香港大學(xué)新發(fā)傳染性疾病國家重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室深圳分室副主任朱華晨，接受新京報記者采訪時曾如此分析。
冠狀病毒是正鏈RNA病毒，易于發(fā)生突變與重組。世衛(wèi)組織總干事譚德塞1月下旬亦曾提醒，防控工作還要考慮病毒隨時可能出現(xiàn)的基因突變。
3月3日，科學(xué)出版社出版的綜合性英文學(xué)術(shù)期刊《國家科學(xué)評論》（National Science Review），刊發(fā)了論文《關(guān)于新冠病毒的起源和持續(xù)進(jìn)化》，來自北京大學(xué)生命科學(xué)學(xué)院生物信息中心等科研機(jī)構(gòu)的研究人員，通過對103株新冠病毒基因組的群體遺傳學(xué)分析，發(fā)現(xiàn)新冠病毒演化出兩種主要類型（L型和S型）。武漢市疫情暴發(fā)初期以L型流行為主，2020年1月初以后L型流行頻率下降。此外，研究團(tuán)隊共在103株測序毒株的149個位點(diǎn)發(fā)現(xiàn)了突變。
刊發(fā)在《國家科學(xué)評論》（National Science Review）的論文《關(guān)于新冠病毒的起源和持續(xù)進(jìn)化》。網(wǎng)頁截圖
對此，朱華晨向新京報記者分析，不是說所有突變點(diǎn)都集中于一株病毒，而是說已知的103株病毒凡有不同的位點(diǎn)，統(tǒng)統(tǒng)羅列出來，共有149個位點(diǎn)不同。這意味著，新冠病毒發(fā)生了基因序列突變，但變異并不算大。“這在RNA病毒復(fù)制、演化上屬于比較正常的現(xiàn)象。”很多突變可能沒有生物學(xué)意義，也就是說未必會明顯改變病毒的功能與行為。
但她強(qiáng)調(diào)，也不能輕視病毒的變異，因?yàn)楣跔畈《臼钦淩NA病毒，易于發(fā)生突變與重組，要密切留意關(guān)鍵基因位點(diǎn)上的變化，持續(xù)監(jiān)測病毒的演化方式，并警惕這些突變可能產(chǎn)生的病毒表型和行為的變化。比如，對人體的致病性、影響的器官部位、排毒的時間、途徑，還有傳播能力的改變等，都需要重點(diǎn)關(guān)注。
去年12月中旬已發(fā)生人際傳播，存在無癥狀感染者
1月20日，國家衛(wèi)健委高級別專家組組長、中國工程院院士鐘南山公開表示，根據(jù)目前的資料，可以證實(shí)新冠病毒存在人傳人現(xiàn)象。他介紹，廣東有2個病例，沒去過武漢，但家人去過武漢后染上了新冠肺炎。
同日晚間，廣東珠海市衛(wèi)生健康局披露了一起家庭聚集性病例。父母親于1月11日自武漢乘坐高鐵到珠海女兒家，1月15日父親感到不適就診，1月17日初步診斷為新冠肺炎疑似病例，母親及女兒也先后出現(xiàn)發(fā)熱等癥狀，后均確診。
就在當(dāng)天早些時候（1月20日凌晨2時許），廣東省衛(wèi)健委在官網(wǎng)披露，國家衛(wèi)健委前一日確認(rèn)該省首例新冠肺炎確診病例�；颊呤羌易∩钲诘�66歲男性，2019年12月29日曾到武漢探親。根據(jù)深圳市衛(wèi)健委后來披露的信息，這也是一起家庭聚集性病例。該男子與妻子、女婿、外孫等從武漢探親返深后，沒去過武漢的親家母也感染了。
《柳葉刀》1月24日在線發(fā)表的一篇家庭聚集性病例研究論文中，香港大學(xué)李嘉誠醫(yī)學(xué)院微生物學(xué)系、香港大學(xué)深圳醫(yī)院臨床微生物及感染控制科研究人員詳細(xì)分析了上述深圳病例。在前往武漢的6名家屬中，有5人被確認(rèn)感染了新冠病毒。在武漢期間，這6名家庭成員都沒有接觸過動物，也沒有去過包括華南海鮮市場在內(nèi)的市場。但有2人去過武漢一家醫(yī)院，探望因高熱性肺炎住院的親屬。
有武漢旅行史的返深圳家庭中，多名家庭成員呈現(xiàn)肺部多發(fā)磨玻璃樣改變，其中10歲的患者為無癥狀感染者。論文截圖
一家人返回深圳后，女兒、女婿及孩子和親家母住在一起。1月8日，親家母出現(xiàn)背痛、全身無力等癥狀，在當(dāng)?shù)匾会t(yī)院接受頭孢克洛治療后無好轉(zhuǎn)，并出現(xiàn)發(fā)燒、干咳等癥狀，于1月11日再次就診。而她在過去14天內(nèi)并未去過武漢或深圳市場，后確診新冠肺炎。
論文分析道，存在幾種傳播可能性。其中最可能的情況是，在武漢某醫(yī)院探望親屬時未戴口罩的孩子外婆被感染，一家人返回深圳后將病毒傳染給孩子奶奶。“研究表明，這種新型冠狀病毒可能在家庭、醫(yī)院存在人傳人現(xiàn)象，并可能在城市間傳播，因此在流行早期階段就應(yīng)警惕，采取措施加以控制。”
值得注意的是，這起家庭聚集性病例中，還有一例無癥狀感染者（10歲）。上述論文提出，盡早隔離病人、追蹤和隔離接觸者至關(guān)重要，因?yàn)槿?0歲患者所示，可能存在無癥狀感染。
醫(yī)學(xué)期刊《新英格蘭醫(yī)學(xué)雜志》1月29日在線發(fā)表的新冠肺炎初期傳播動力學(xué)論文證實(shí)，密切接觸者之間的人際傳播從12月中旬開始已經(jīng)發(fā)生，并在此后一個月內(nèi)逐漸散播。“我們估計R0（基本傳染數(shù)）約為2.2，這意味著每例患者平均將感染傳給了另外2.2人。”
該論文申明，對R0的估計僅限于1月4日之前，論文作者來自中國疾控中心等單位，據(jù)稱是根據(jù)截至1月23日上報的425例確診病例（包括15名醫(yī)務(wù)人員）所做的回顧性分析。
鐘南山1月20日曾提到有醫(yī)務(wù)人員感染，“圍繞一個感染者病例，因?yàn)樽o(hù)理各方面（情況），有14名醫(yī)務(wù)人員感染。”這也被視為明確的人傳人證據(jù)。
據(jù)中國-世界衛(wèi)生組織聯(lián)合考察組了解，大多數(shù)醫(yī)務(wù)人員感染是發(fā)生在武漢疫情暴發(fā)早期，“當(dāng)時應(yīng)對這種新疾病的物資和經(jīng)驗(yàn)較為缺乏。”
尚無經(jīng)過證實(shí)的特異性抗病毒或免疫調(diào)節(jié)藥物可改善預(yù)后
據(jù)國家衛(wèi)健委3月3日印發(fā)的《新型冠狀病毒肺炎診療方案（試行第七版）》目前所見傳染源主要是新型冠狀病毒感染的患者，無癥狀感染者也可能成為傳染源。
經(jīng)呼吸道飛沫和密切接觸傳播是主要的傳播途徑。在相對密閉的環(huán)境中長時間暴露于高濃度氣溶膠情況下存在經(jīng)氣溶膠傳播的可能。由于在糞便及尿中可分離到新型冠狀病毒，應(yīng)注意糞便及尿?qū)Νh(huán)境污染造成氣溶膠或接觸傳播。易感人群方面，普遍易感。
基于目前的流行病學(xué)調(diào)查，潛伏期1-14天，多為3-7天。以發(fā)熱、干咳、乏力為主要表現(xiàn)。少數(shù)患者伴有鼻塞、流涕、咽痛、肌痛和腹瀉等癥狀。
中國疾控中心2月17日在《中華流行病學(xué)雜志》網(wǎng)站預(yù)發(fā)表的論文，對截至2月11日中國內(nèi)地報告所有病例的流行病學(xué)特征進(jìn)行了描述和分析。在44672例確診病例中，大多數(shù)年齡在30～79歲(86.6%)，湖北省(74.7%)，輕癥病例為主(80.9%)。確診病例中，死亡1023例，粗病死率為2.3%。在死亡病例中，大多數(shù)為60歲及以上患者，且患有基礎(chǔ)性疾病，如高血壓、心血管疾病和糖尿病等。
截至2020年2月11日新型冠狀病毒肺炎確診病例報告日期、發(fā)病日期流行曲線。圖片來自《中華流行病學(xué)雜志》網(wǎng)站
上述論文發(fā)病流行曲線還顯示，2019年12月發(fā)病的病例，可能為小范圍暴露傳播模式；2020年1月，可能是擴(kuò)散傳播模式。在1月23－26日左右達(dá)到峰值，并且觀察到發(fā)病數(shù)下降趨勢。
另據(jù)國家衛(wèi)健委2月29日發(fā)布的《中國-世界衛(wèi)生組織新型冠狀病毒肺炎（COVID-19）聯(lián)合考察報告》，截至2月20日，55924例實(shí)驗(yàn)室確診病例中有2114例死亡，粗病死率為3.8%。粗病死率因地區(qū)和傳播強(qiáng)度而異，武漢5.8%，中國其他地區(qū)0.7%。且疫情暴發(fā)早期較高，隨著時間推移有所下降，“聯(lián)合考察組注意到醫(yī)療服務(wù)水平在疫情進(jìn)展過程中發(fā)生了變化。”
武漢市金銀潭醫(yī)院等醫(yī)療機(jī)構(gòu)臨床醫(yī)生，整理99例患者流行病學(xué)及臨床特征時，曾提及患者治療方面的問題，相關(guān)論文于1月29日發(fā)表在《柳葉刀》。
論文提到，新冠病毒可能主要作用于淋巴細(xì)胞，特別是T淋巴細(xì)胞，SARS時也是如此。病毒可能在體內(nèi)誘發(fā)細(xì)胞因子風(fēng)暴，產(chǎn)生一系列免疫反應(yīng)。一些患者病情發(fā)展迅速，出現(xiàn)急性呼吸窘迫綜合征（ARDS）和敗血性休克，最終導(dǎo)致多器官衰竭。“因此，早發(fā)現(xiàn)并及時處理危重病例至關(guān)重要。”該論文提出，建議靜脈注射免疫球蛋白以增強(qiáng)重癥患者的抗感染能力。
“目前，尚無經(jīng)過證實(shí)的特異性抗病毒或免疫調(diào)節(jié)藥物可改善預(yù)后。”上述中國-世界衛(wèi)生組織聯(lián)合考察報告稱，診療方案內(nèi)容包括按臨床嚴(yán)重程度采取支持治療，以及試驗(yàn)性治療如磷酸氯喹、洛匹那韋/利托那韋等。對危重者應(yīng)用插管/無創(chuàng)通氣和ECMO可以提高生存率。
據(jù)國家衛(wèi)健委公布的最新情況，截至3月3日24時，據(jù)31個�。ㄗ灾螀^(qū)、直轄市）和新疆生產(chǎn)建設(shè)兵團(tuán)報告，現(xiàn)有確診病例27433例（其中重癥病例6416例），累計治愈出院病例49856例，累計死亡病例2981例，累計報告確診病例80270例，現(xiàn)有疑似病例520例。累計追蹤到密切接觸者666397人，尚在醫(yī)學(xué)觀察的密切接觸者36432人。
累計收到港澳臺地區(qū)通報確診病例152例：香港特別行政區(qū)100例（出院37例，死亡2例），澳門特別行政區(qū)10例（出院9例），臺灣地區(qū)42例(出院12例，死亡1例)。
新京報記者 王洪春 吳淋姝
編輯 趙凱迪
校對 李立軍
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